Piattaforma Nazionale per la Gestione e l’Analisi dei Dati

Piattaforma Nazionale per la Gestione e l’Analisi dei Dati

La missione della Piattaforma Nazionale per la Gestione e l’Analisi dei Dati è quella di supportare la comunità scientifica nazionale attraverso l’analisi di dati biologici generati dalle tecnologie high-throughput di sequenziamento e di acquisizione di immagini. L’obiettivo principale di questa Piattaforma è fornire competenze bioinformatiche e di analisi delle bio-immagini per l’interpretazione di set di dati biomedici complessi e su larga scala.

La PN per la Gestione e l’Analisi dei Dati prevede tre Unità Infrastrutturali:

• UI1 – Analisi delle bioimmagini: Questa unità fornisce servizi avanzati di analisi delle immagini, inclusi il controllo di qualità (QC), il denoising ed il ripristino delle immagini, la segmentazione e la quantificazione di base dei dati di imaging. Inoltre, questa unità infrastrutturale sviluppa e mantiene nuovi strumenti open source di analisi delle immagini che vengono messi a disposizione della comunità e inclusi nel portafoglio di servizi.
• UI2 – Analisi omica: Questa unità esegue l’analisi dei dati “omici” generati da altre piattaforme o da sorgenti esterne.  I servizi di base comprendono il QC, l’allineamento al genoma di riferimento, la generazione di matrici di conte e/o l’identificazione delle varianti.  Analisi più approfondite sono disponibili a seconda del tipo specifico di progetto.
• UI3 – Technology Development – DevOps and Web development: Questa unità si concentra sullo sviluppo di versioni installabili e containerizzate delle pipeline di analisi utilizzate dalla Piattaforma, nonché sulla creazione e la gestione di WebApp di facile utilizzo ad uso della comunita’ scientifica.

Tutte e tre le unità della Piattaforma Nazionale per la Gestione e l’Analisi dei Dati svolgono attività di sviluppo tecnologico, allo scopo di creare software di ricerca riutilizzabili all’interno della Piattaforma, ma anche di consentire la distribuzione di componenti innovativi che gli utenti possono utilizzare nei propri laboratori. Lo sviluppo tecnologico garantisce che la Piattaforma rimanga all’avanguardia e si adatti organicamente alle esigenze della comunità scientifica.

Un altro pilastro della Piattaforma è quello di fornire opportunità di formazione agli utenti attraverso workshop e corsi di approfondimento, consentendo agli utenti di trasferire le conoscenze apprese nelle loro istituzioni di provenienza, ed incrementando l’impatto della Piattaforma sulla comunita’ nazionale.

Il Piattaforma Nazionale per la Gestione e l’Analisi dei Dati è supportata da un’ampia infrastruttura di Data Centre e di calcolo scientifico, inizialmente composta da un sistema HPC (circa 100 nodi di calcolo, 30 nodi GPU, 20 PB di spazio di archiviazione totale) combinato con l’accesso a risorse su cloud.