Genomica

Legnini Group

Il Legnini Group a Human Technopole combina approcci di biologia molecolare e dei sistemi per studiare la regolazione dell’espressione genica.

Usiamo la biologia sintetica e in particolare l’optogenetica per ingegnerizzare cellule e organoidi con l’obiettivo di riprodurre complesse cascate regolatorie, quindi applichiamo tecniche di trascrittomica integrativa per comprendere i principi della regolazione genica, con particolare attenzione alla regolazione post-trascrizionale dell’RNA.

Ad esempio, applichiamo la trascrittomica spaziale e a singola cellula a modelli tridimensionali di neurosviluppo (organoidi), in cui perturbiamo l’espressione genica con risoluzione spazio-temporale utilizzando l’optogenetica e in cui studiamo il patterning spaziale dell’espressione genica in un ambiente cellulare complesso.

Allo stesso tempo, esaminiamo i dettagli molecolari della regolazione dell’RNA, dal processamento alla degradazione, utilizzando e sviluppando tecnologie trascrittomiche ad alto rendimento e risoluzione e modelli quantitativi del metabolismo dell’RNA. A questo proposito, ad esempio, utiliziamo metodi di sequenziamento di terza generazione per studiare come uno stesso gene produce mRNA diversi e come gli elementi regolatori negli mRNA come 3’UTR e code di poli(A) influiscono sull’abbondanza e sulla funzione dell’RNA.

 

POSIZIONI APERTE

Siamo costantemente alla ricerca di persone qualificate! Se sei interessato a uno stage, a una posizione di dottorato o postdoc, scrivi a ivano.legnini [at] fht.org

Segui su Bluesky: @ilegnini.bsky.social

 

ALUMNI

  • Antonio Astorino: Master student in Bioinformatics, University of Milan
  • Sowmya Theegalapalli: PhD student in Dinamica del Proteoma, Max Delbrück Center, Berlino
  • Nadja von Wiegen: Master student, Freie Universität Berlin

Membri del gruppo

Pubblicazioni

  • 07/2026 - Nature Methods

    SpatioTemporal Omics Consortium: a global effort for biological discovery across species, space and time

    In this Comment we introduce the SpatioTemporal Omics Consortium (STOC), a global, open network collaborating to integrate spatial and temporal omics across species, development, disease and evolution. The pace of innovation in spatial technologies has been extraordinary, rapidly transforming our ability to study biological systems within their native tissue environments. Throughout the history of biology, […]

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  • 07/2026 - BioRxiv

    Insulin synthesis is sustained by Tent5 poly(A) polymerases

    Insulin is an essential regulator of glucose homeostasis in vertebrates, and impairment of its synthesis or action leads to diabetes with severe health complications in humans. It is therefore essential to understand how beta cells control insulin synthesis and secretion, including the transcription, translation and decay of its messenger RNA. Using sequencing-based poly(A) tail length […]

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  • 06/2026 - BioRxiv

    Genomic codes governing enhancer RNA fate

    Long-read sequencing has transformed transcriptome profiling, yet capturing full-length, non-polyadenylated transcripts like enhancer RNAs (eRNAs) remains challenging. Here, we introduce CFC-seq, combining cap-trapping and in vitro poly(A)-tailing to sequence poly(A) and non-poly(A) RNAs with precise transcription start site. Paired with our assembler, SALA, we identified 39,425 novel transcriptional units, including ∼24,000 eRNAs. Our data reveal […]

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  • 01/2026 - BioRxiv

    Genome Architecture Shapes Transcriptional Responses to DNA Supercoiling in a Multicellular Organism

    DNA supercoiling is an intrinsic consequence of transcription that must be resolved to maintain proper gene expression. How DNA supercoiling shapes transcription dynamics in chromatinized animal genomes remains unclear. Here, we acutely depleted topoisomerases I and II in Caenorhabditis elegans and applied nascent transcription profiling, nuclear and total RNA-seq, histone modification mapping, and long-read sequencing […]

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  • 08/2025 - FEBS Letters

    Regulation of mRNA metabolism in immune cells

    Rapid activation of immune cells is critical for host defence. While transcriptional regulation is essential for initiating the immune response, emerging evidence highlights the role of post-transcriptional mechanisms in controlling the speed and intensity of the immune reaction. Splicing, polyadenylation, translation and decay are all regulated to fine-tune the expression of genes crucial for immune […]

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