Iorio Group
Iorio group’s Apps, Tools and Computable Manuscripts
Lo Iorio Group lavora tra biologia, machine learning, statistica e teoria dell’informazione con l’obiettivo di comprendere e prevedere il ruolo delle alterazioni genomiche e dei tratti molecolari derivanti da altre -omiche nei processi patologici, nel ri-cablaggio dei circuiti biologici e il loro impatto sulla risposta terapeutica nei tumori umani e in altre malattie.
La nostra ricerca mira a migliorare la salute umana sviluppando algoritmi, strumenti di calcolo e nuovi metodi analitici per l’integrazione e l’analisi di set di dati di farmacogenomica e genomica funzionale, con l’obiettivo di identificare nuovi target terapeutici, biomarcatori e opportunità per il riposizionamento dei farmaci.
Con i nostri collaboratori, stiamo contribuendo alla creazione di una mappa completa di tutte le dipendenze genetiche e le vulnerabilità dei tumori umani e allo sviluppo di un’infrastruttura computazionale per tradurre questa mappa in linee guida per le fasi iniziali dello sviluppo di farmaci e per la medicina di precisione.
Sviluppiamo, implementiamo e gestiamo metodi bioinformatici e nuovi strumenti per la valutazione di modelli preclinici, la pre-elaborazione, l’analisi e la visualizzazione di dati provenienti da screening di genome-editing, per la correzione in silico di bias specifici in tali dati e per l’ottimizzazione di librerie di RNA a guida singola per screenings CRISPR-Cas9 aggregati e altri setting sperimentali.
Il nostro interesse è anche rivolto all’analisi di big-data, allo sviluppo di modelli predittivi biomedici basati su dati non biomedici, e a strategie informatiche efficienti per la randomizzazione vincolata utile a testare proprietà combinatorie in reti biologiche e dati genomici su larga scala.
Membri del gruppo
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Francesco Iorio
Research Group Leader -
Fateema Hani Bazzi
Undergraduate Intern -
Lorenzo Mathieu Brochier
PhD Student -
Ottavio Croci
Senior Data Scientist -
Alessandro Digilio
Postgraduate Fellow -
Irene Fernández Rebollo
PhD Student -
Raffaele Iannuzzi
PhD Student -
Athanasios Oikonomou
Postdoc -
Flavio Passante
PhD Student -
Ludovica Proietti
Research Fellow -
Nevenka Radic
Postdoc -
Aurora Savino
Postdoc -
Vanessa Spagnolo
Technician -
Yasin Tepeli
Scientific Visitor -
Alessandro Vinceti
Postdoc -
Gianluca Vozza
Postdoc
Pubblicazioni
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12/2019 - Nature Communications
Agreement between two large pan-cancer CRISPR-Cas9 gene dependency data sets
Genome-scale CRISPR-Cas9 viability screens performed in cancer cell lines provide a systematic approach to identify cancer dependencies and new therapeutic targets. As multiple large-scale screens become available, a formal assessment of the reproducibility of these experiments becomes necessary. We analyze data from recently published pan-cancer CRISPR-Cas9 screens performed at the Broad and Sanger Institutes. Despite […]