Project Score: un database per aiutare lo sviluppo della prossima generazione di farmaci antitumorali
Un nuovo paper di Francesco Iorio pubblicato da Nucleic Acid Research descrive la creazione del portale web Project Score
Francesco Iorio, Group Leader presso il Center for Computational Biology, è co-autore di un nuovo paper pubblicato da Nuclear Acids Research in cui viene descritta la creazione del sito Project Score: un portale web che consente agli utenti di stimare il potenziale di ogni gene come target terapeutico per nuovi farmaci antitumorali.
Project Score, creato e mantenuto dal gruppo di Mathew Garnett presso il Wellcome Sanger Institute, permette di scaricare gratuitamente ed esplorare in maniera interattiva datasets di genomica funzionale e analizzare specifiche ipotesi biologiche. Ad esempio, inserendo il nome di un qualsiasi gene, il sistema offrirà ulteriori informazioni sul punteggio dello specifico gene come futuro bersaglio terapeutico, i sui potenziali biomarcatori e la trattabilità corrente, ovvero se sono già disponibili farmaci per inibire la corrispondente proteina codificata.
I dati utilizzati dal portale sono stati generati attraverso uno screening di inattivazione genetica con il sistema CRISPR-cas9 a livello di intero genoma eseguito su centinaia di modelli di cancro. Questo ha consentito di comprendere meglio la funzione di ciascun gene e di individuare le dipendenze selettive delle cellule tumorali. Il sistema si basa su una tecnologia informatica sviluppata da Francesco Iorio, Fiona Behan e Mathew Garnett e su dati e risultati descritti in un articolo scientifico pubblicato lo scorso anno su Nature, nell’ambito dell’iniziativa Cancer Dependency Map.
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