Project Score: un database per aiutare lo sviluppo della prossima generazione di farmaci antitumorali
Francesco Iorio, Group Leader presso il Center for Computational Biology, è co-autore di un nuovo paper pubblicato da Nuclear Acids Research in cui viene descritta la creazione del sito Project Score: un portale web che consente agli utenti di stimare il potenziale di ogni gene come target terapeutico per nuovi farmaci antitumorali.
Project Score, creato e mantenuto dal gruppo di Mathew Garnett presso il Wellcome Sanger Institute, permette di scaricare gratuitamente ed esplorare in maniera interattiva datasets di genomica funzionale e analizzare specifiche ipotesi biologiche. Ad esempio, inserendo il nome di un qualsiasi gene, il sistema offrirà ulteriori informazioni sul punteggio dello specifico gene come futuro bersaglio terapeutico, i sui potenziali biomarcatori e la trattabilità corrente, ovvero se sono già disponibili farmaci per inibire la corrispondente proteina codificata.
I dati utilizzati dal portale sono stati generati attraverso uno screening di inattivazione genetica con il sistema CRISPR-cas9 a livello di intero genoma eseguito su centinaia di modelli di cancro. Questo ha consentito di comprendere meglio la funzione di ciascun gene e di individuare le dipendenze selettive delle cellule tumorali. Il sistema si basa su una tecnologia informatica sviluppata da Francesco Iorio, Fiona Behan e Mathew Garnett e su dati e risultati descritti in un articolo scientifico pubblicato lo scorso anno su Nature, nell’ambito dell’iniziativa Cancer Dependency Map.
Condividi:
Ti potrebbe anche interessare:
-
Checklist per la preparazione e l’analisi di immagini di microscopia
Un gruppo internazionale di microscopisti ottici fornisce linee guida su come elaborare le immagini grezze di microscopia e assemblarle per la pubblicazione in modo standardizzato e riproducibile.
-
Ultrastructure Expansion Microscopy details Chlamy native organisation
The Pigino Group developed a detailed protocol to obtain super-resolution images of the green alga Chlamydomonas reinhardtii by using conventional optical light microscopes.
-
Benvenuto al nostro nuovo direttore Marino Zerial
Il 1° settembre 2023 la comunità di Human Technopole ha dato un caloroso benvenuto a Marino Zerial, che ha assunto ufficialmente la carica di nuovo direttore dell’istituto.
-
Knock-in di geni di Chlamydomonas reinhardtii con CRISPR/Cas
Il Pigino Group presenta un protocollo basato su CRISPR/Cas per l’inserimento mirato di geni esogeni nel genoma dell’alga verde unicellulare Chlamydomonas, che consente un rapido screening high-throughput delle cellule mutanti. Chlamydomonas reinhardtii è un organismo modello semplice e ampiamente utilizzato: allo stato vegetativo, l’alga è aploide (ovvero contiene un unico set di cromosomi) e rappresenta quindi un modello […]
-
Alla scoperta della ricerca HT con Rodrigo Pracana di Genomics
Vi presentiamo Rodrigo Pracana, Senior Bioinformatician della Functional Genomics Computation Scientific Service Unit del Genomics Research Centre – Functional Genomics programme. Lavorando con i diversi gruppi e con il consorzio FANTOM6, Rodrigo studia l’interazione tra cromatina ed espressione genica. Rodrigo, parlaci del tuo background: cosa ti ha spinto a intraprendere una carriera nella ricerca? Ho […]