Project Score: un database per aiutare lo sviluppo della prossima generazione di farmaci antitumorali
26 Ottobre 2020
Project Score: un database per aiutare lo sviluppo della prossima generazione di farmaci antitumorali
Francesco Iorio, Group Leader presso il Center for Computational Biology, è co-autore di un nuovo paper pubblicato da Nuclear Acids Research in cui viene descritta la creazione del sito Project Score: un portale web che consente agli utenti di stimare il potenziale di ogni gene come target terapeutico per nuovi farmaci antitumorali.
Project Score, creato e mantenuto dal gruppo di Mathew Garnett presso il Wellcome Sanger Institute, permette di scaricare gratuitamente ed esplorare in maniera interattiva datasets di genomica funzionale e analizzare specifiche ipotesi biologiche. Ad esempio, inserendo il nome di un qualsiasi gene, il sistema offrirà ulteriori informazioni sul punteggio dello specifico gene come futuro bersaglio terapeutico, i sui potenziali biomarcatori e la trattabilità corrente, ovvero se sono già disponibili farmaci per inibire la corrispondente proteina codificata.
I dati utilizzati dal portale sono stati generati attraverso uno screening di inattivazione genetica con il sistema CRISPR-cas9 a livello di intero genoma eseguito su centinaia di modelli di cancro. Questo ha consentito di comprendere meglio la funzione di ciascun gene e di individuare le dipendenze selettive delle cellule tumorali. Il sistema si basa su una tecnologia informatica sviluppata da Francesco Iorio, Fiona Behan e Mathew Garnett e su dati e risultati descritti in un articolo scientifico pubblicato lo scorso anno su Nature, nell’ambito dell’iniziativa Cancer Dependency Map.
Il Glastonbury Group è tra i destinatari dei premi del Data Insights Cycle 3. L’obiettivo dell’iniziativa è quello di sviluppare un modello di apprendimento automatico che identifichi sottopopolazioni cellulari rilevanti per una certa malattia e preveda un fenotipo/malattia di interesse a partire da dati RNA-seq a singola cellula (scRNA-seq) su larga scala.
In collaborazione con un team internazionale di scienziati, i ricercatori di HT hanno identificato una mutazione missenso in un gene coinvolto nell’immunità intrinseca del cervello come causa genetica dell’encefalite del tronco encefalico da SARS-CoV-2. I risultati sono pubblicati sul Journal of Experimental Medicine.
Uno studio di Human Technopole, dell’Institute of Cancer Research e del Royal Marsden NHS Foundation Trust di Londra ha mostrato che la presenza nel tumore alla prostata di cellule con differenze genetiche e di forma indica un maggiore rischio che la patologia si ripresenti, anche dopo dieci anni. Lo studio potrà aiutare i medici a personalizzare meglio il trattamento per questa patologia, adottando trattamenti più aggressivi in quei casi in cui emerga, grazie a questi parametri, un maggiore rischio di recidiva.
Human Technopole apre le Piattaforme Nazionali, strumentazioni e tecnologie all’avanguardia accessibili tramite bandi aperti alla comunità scientifica italiana. I progetti verranno selezionati da una commissione di esperti internazionali. Gli scienziati potranno accedere a cinque nuove strutture dedicate, catalizzatrici di open innovation nel settore delle scienze della vita, cruciale per la ricerca e la salute degli italiani.
Un team internazionale di scienziati, guidato dai ricercatori di HT Magda Bienko e Nicola Crosetto, ha sviluppato un software open-source per la deconvoluzione di immagini di microscopia a fluorescenza a campo largo e scansioni di tessuti di grandi dimensioni. Questo nuovo strumento aumenta le informazioni ottenute con i metodi di omica spaziale basati sulla microscopia […]
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