Preservare e consolidare i database biomedici – Human Technopole firma un MoU con il Dipartimento di Biologia dell’Università di Roma “Tor Vergata”
Milano, 1 Aprile – Human Technopole e il Dipartimento di Biologia dell’Università di Roma “Tor Vergata” hanno firmato un Memorandum of Understanding che dimostra il loro comune impegno per il continuo sviluppo di MINT e SIGNOR, due database che nel tempo sono diventati risorse fondamentali per la comunità bioinformatica europea.
Circa 20 anni fa il Gruppo di Genetica Molecolare di Tor Vergata, guidato dal Prof. Cesareni, ha avviato lo sviluppo di due database, il Molecular INTeraction (MINT) e, più recentemente, il SIGnalling Network Open Resource (SIGNOR), finalizzati ad acquisire informazioni bibliografiche rispettivamente sulle interazioni molecolari fisiche e funzionali.
Dal 2019 sono in corso discussioni tra Human Technopole e il Dipartimento di Biologia di “Tor Vergata” per cercare di garantire la continuità dei due database, che richiedono il lavoro di personale esperto che estrae e annota le informazioni dalla letteratura scientifica. Gli scienziati di tutto il mondo possono accedere alle banche dati nello spirito di apertura che caratterizza la ricerca scientifica.
Nel corso del tempo, MINT è diventato sempre più importante all’interno della comunità scientifica ed è ora parte della rete ELIXIR, l’organizzazione intergovernativa che riunisce le risorse di tutta Europa nel campo delle life sciences. Attualmente è l’unica risorsa di dati italiana ad essere inserita tra le Core Data Resources di ELIXIR.
La collaborazione tra le due organizzazioni per il continuo sviluppo dei dataset MINT e SIGNOR prenderà molteplici forme da perseguire attraverso il lavoro di informatici e curatori dedicati. Un ulteriore accordo regolerà aspetti specifici della collaborazione, tra cui la futura struttura di governance e la politica sull’uso dei due database a beneficio della più ampia comunità di ricerca, facilitando così nuove scoperte nel campo della biomedicina.
“La stretta interazione tra le banche dati sviluppate dal Dipartimento di Biologia di Tor Vergata e i progetti di Human Technopole garantirà la continuità di queste importanti risorse biologiche e allo stesso tempo contribuirà a far progredire la missione di Human Technopole di collegare i dati genetici ai fenotipi di malattia” commenta il Prof. Cesareni.
I dataset. MINT è una risorsa consolidata e membro fondatore del consorzio internazionale di database federati, iMEX. Il consorzio iMEX mira a coordinare l’acquisizione – in un formato strutturato e facilmente accessibile – di informazioni sulle interazioni verificate sperimentalmente tra proteine. Il più recente SIGNOR utilizza un approccio simile e si concentra specificamente sulle relazioni causali (cioè le interazioni funzionali) tra proteine e altre entità biologiche coinvolte nella traduzione del segnale. Il MoU prevede anche un lavoro collaborativo su due risorse ausiliarie focalizzate su malattie, DISNOR (per le malattie genetiche) e CancerGeneNet (per i tumori) che sono state sviluppate per supportare l’interpretazione dei dati genetici e la medicina personalizzata. In particolare, DISNOR combina le informazioni sull’interazione causale annotate in SIGNOR con i dati sull’interazione proteica per generare ed esplorare i percorsi della malattia. CancerGeneNet mira a collegare i geni che sono frequentemente mutati nei tumori ai fenotipi tumorali, collegando così i geni guida ai segni distintivi del cancro.
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