Alla scoperta della ricerca HT con Rodrigo Pracana di Genomics

Vi presentiamo Rodrigo Pracana, Senior Bioinformatician della Functional Genomics Computation Scientific Service Unit del Genomics Research Centre – Functional Genomics programme. Lavorando con i diversi gruppi e con il consorzio FANTOM6, Rodrigo studia l’interazione tra cromatina ed espressione genica.

Rodrigo, parlaci del tuo background: cosa ti ha spinto a intraprendere una carriera nella ricerca?

Ho studiato Biologia all’università e sono sempre stato affascinato dall’evoluzione del genoma. Il mio interesse per l’evoluzione mi ha portato a intraprendere un percorso di ricerca piuttosto eclettico: il mio dottorato di ricerca era focalizzato sulla genomica delle formiche e il mio postdoc sulla genomica di un gerbillo (chiamato “ratto delle sabbie maggiore”) che è incline all’obesità e al diabete.

Tuttavia, sono sempre stato interessato a processi che sono universali per tutti gli animali, compresi gli esseri umani. Il mio lavoro si è concentrato sul processo di ricombinazione, che nelle formiche è stato parzialmente inibito e nei gerbilli apparentemente accelerato. Capire la ricombinazione è fondamentale per comprendere la genomica. Sotto questo aspetto, gli esseri umani sono un po’ “noiosi”, perché hanno livelli di ricombinazione non eccezionali, ma tenerne conto è fondamentale quando si studia l’associazione tra geni e malattie e la storia delle popolazioni umane.

Sono molto felice di lavorare nel Genomics Research Centre – Functional Genomics programme di HT, perché stiamo analizzando a fondo alcuni di questi processi essenziali per la biologia, in particolare il controllo dell’espressione genica.

Ci sono fonti di ispirazione o modelli specifici che hanno influenzato il tuo percorso?

Ho avuto supervisori fantastici lungo il mio percorso. Il mio supervisore del Master aveva un entusiasmo contagioso e la pazienza di un santo (ero un principiante!), e nel giro di pochi giorni mi ha completamente convinto che la Bioinformatica era la strada da seguire per me.

Ho avuto la fortuna di essere il primo studente del mio supervisore di dottorato. Mi ha insegnato che è essenziale essere ambiziosi e creativi, essere chiari nel comunicare la propria scienza e, soprattutto, che la scienza è più produttiva e divertente se si è disposti ad aiutare gli altri e se non si ha paura di chiedere aiuto.

Infine, il mio supervisore del postdoc mi ha aperto gli occhi sul fatto che non esiste un unico percorso di carriera per diventare uno scienziato. Si può avere un grande impatto lavorando in un’unità di supporto bioinformatico come la mia, purché si sia proattivi ed entusiasti.

C’è un momento in cui hai dovuto affrontare una sfida o una difficoltà significativa, e come l’hai superata?

Ho la fortuna di non aver mai avuto grossi intoppi nella mia carriera. Ci sono state un paio di volte in cui il lavoro che ho svolto si è rivelato inconcludente, ma non possiamo aspettarci che la scienza ci dia sempre i risultati che vogliamo, quindi questo non è un grosso problema.

Ci sono stati anche momenti in cui quella che sembrava una grande sfida (il mio primo articolo!) si è rivelata il lavoro quotidiano di uno scienziato. Ho imparato a non avere paura delle nuove sfide, soprattutto in un ambiente che mi sostiene.

Di cosa si occupa la vostra Unit in HT?

Sono un Senior Bioinformatician della Functional Genomics Computation Scientific Service Unit del Genomics Research Centre – Functional Genomics programme. La Unit collabora con i diversi gruppi del Centro, che studiano molti aspetti della biologia del genoma.

Ci sono tre grandi aree di lavoro su cui ci concentriamo. In primo luogo, dobbiamo trovare il modo migliore per elaborare e analizzare i set di dati provenienti da esperimenti di sequenziamento su larga scala. Si tratta di una sfida, perché alcuni di questi esperimenti utilizzano tecnologie completamente nuove. In secondo luogo, contribuiamo direttamente con analisi computazionali ai progetti di ricerca di ciascun laboratorio, oltre ad aiutare dottorandi e postdoc – queste analisi faranno parte di articoli pubblicati. Infine, gestiamo set di dati che vengono utilizzati da più persone tra i centri e l’istituto, fungendo da importante ponte tra i gruppi del Centro.

Potete condividere alcuni risultati o scoperte che la vostra Unit ha già realizzato?

La sfida più grande per la nostra unità è stata quella di trovare il modo migliore per analizzare il RADICL-seq, che identifica le sequenze di RNA e DNA vicine tra loro nel nucleo. Abbiamo fatto molti progressi in questo senso e siamo in grado di ottenere risultati biologicamente interessanti. Tenetelo d’occhio!

E qualche progetto o iniziativa che la Unit ha in programma di intraprendere?

Ce ne sono molti! In primo luogo, c’è ancora molto lavoro da fare con i set di dati Fantom6. In secondo luogo, il Centro sta utilizzando sempre più spesso sequenze a lettura lunga, le cui analisi richiederanno il contributo della Unit. Inoltre, diversi gruppi del Centro si sono uniti solo di recente, quindi dobbiamo assicurarci che le loro pipeline siano operative. A lungo termine, spero che saremo in grado di condurre noi stessi alcuni progetti, in particolare se riusciremo a utilizzare la ricchezza di dati disponibili per studiare processi poco studiati come l’espressione degli RNA non codificanti e lo splicing alternativo in cellule e specie diverse.

In che modo il lavoro della vostra Unit contribuisce al progresso della salute e del benessere umano?

Il lavoro che svolgiamo nel Centro riguarda la comprensione del funzionamento di base del genoma. Ma in questo lavoro non siamo isolati: lavoriamo a stretto contatto con i nostri colleghi del programma Population and Medical Genomics. Progettiamo alcune delle tecnologie all’avanguardia che utilizziamo nel Centro (come il RADICL-seq) a livello di popolazione. Questo tipo di collaborazione è essenziale perché permette alla genomica medica di fare un passo avanti nella comprensione di come determinati geni contribuiscono alle malattie. La nostra unità è particolarmente importante perché dispone di un’esperienza nell’analisi dei dati che può essere trasferita ad altri gruppi e dipartimenti.

Come promuovete la collaborazione e la ricerca interdisciplinare tra le Unit e con i gruppi?

La Unit lavora con i gruppi del Centro nei loro progetti di ricerca, quindi il lavoro è di natura collaborativa. Inoltre, tutti i gruppi del programma lavorano con gli stessi set di dati o con set di dati complementari, ad esempio quelli del progetto Fantom6. La mia Unit è incaricata di assicurarsi che questo venga fatto in modo efficace.

A livello pratico, si tratta di avere un buon rapporto personale con tutti coloro con cui lavoro, dagli studenti ai ricercatori. In effetti, ho anche alcune responsabilità nella consulenza e nella supervisione degli studenti di master e di dottorato per quanto riguarda le parti bioinformatiche dei loro progetti.

Quali sono le principali sfide che affrontate nella vostra Unit e come le superate?

La difficoltà principale è che non abbiamo abbastanza personale per far fronte a tutte le richieste dei diversi gruppi del Centro, ed è per questo che stiamo assumendo un nuovo bioinformatico per aiutarci!

Quali sono le tendenze o le tecnologie emergenti che ritieni più promettenti nel tuo campo di ricerca?

Il fatto che il sequenziamento a lettura lunga stia diventando molto più economico significa che c’è stato un grande cambiamento nel campo della genomica funzionale, perché possiamo ottenere una comprensione molto più accurata di processi come lo splicing e l’attività degli elementi ripetitivi. Più in generale, è sempre più evidente che la funzione di ogni cellula dipende dal suo contesto spaziale, il che significa che ci sarà una maggiore attenzione alla trascrittomica spaziale e al lavoro con gli organoidi.

Come riesci a mantenere un equilibrio tra lavoro e vita privata? Ci sono strategie che trovi utili per gestire il tempo in modo efficace?

La cosa più importante nella gestione del tempo è identificare i compiti più urgenti e importanti. E se si lavora in gruppo, bisogna essere onesti sul tempo che si pensa di impiegare.

Durante il dottorato ho imparato che mantenere un buon equilibrio tra lavoro e vita privata è essenziale, perché il tempo che ci si prende dopo il lavoro permette di tornare il giorno dopo con la mente fresca.

Come hai conosciuto Human Technopole? Cosa ti ha spinto a lavorare qui?

Ho fatto domanda in HT per due motivi. In primo luogo, l’istituto stava attirando persone fantastiche da tutto il mondo e i gruppi del Centro stavano svolgendo ricerche davvero interessanti. In secondo luogo, il lavoro nella Unit mi avrebbe permesso di concentrare il mio lavoro scientifico su ciò che più mi piace della scienza, in particolare l’analisi dei dati, ma mi avrebbe anche permesso di accrescere le mie competenze e conoscenze.

Sono molto felice di aver fatto domanda! In particolare, la natura collaborativa dei laboratori qui (e i generosi finanziamenti) rende possibile un lavoro su scala che non avevo mai fatto prima. Inoltre, tutti sono molto amichevoli, il che è un indubbio vantaggio!

Quali sono, secondo te, i principali punti di forza della ricerca italiana? E quali potrebbero essere migliorati?

La mia esperienza di lavoro in HT, e con i collaboratori di alcuni altri istituti di ricerca italiani, mi ha mostrato che esiste una fantastica rete di persone intelligenti, creative e lungimiranti. L’Italia dispone anche di strutture e risorse di livello mondiale (HT ne è un buon esempio, così come il CINECA). Tuttavia, per un estraneo, il mondo accademico italiano sembra un po’ burocratico e antiquato. Fortunatamente, HT è in controtendenza rispetto a questo aspetto.

Qual è il contributo più importante che vorresti apportare nel plasmare la cultura di lavoro di HT?

Personalmente, credo che la cosa più importante sia promuovere un ambiente in cui tutti siano rispettosi e collaborativi.

Quale consiglio daresti ai giovani ricercatori che aspirano a diventare leader nel campo delle scienze della vita?

Innanzitutto, siate ambiziosi. In secondo luogo, mettetevi in gioco: ricordate che ogni discorso che tenete, ogni articolo che scrivete o ogni richiesta di finanziamento che presentate avrà un pubblico, che potrebbe diventare il vostro futuro collaboratore (o addirittura il vostro capo!). In terzo luogo, per fare bene nella scienza è necessario avere buone idee e finanziarle, quindi dovreste partecipare alla stesura di richieste di finanziamento il più presto possibile nella vostra carriera.

Qual è il miglior consiglio che ti è stato dato nella tua carriera?

Mi avevano avvertito fin dall’inizio che la scienza può essere una montagna russa di emozioni, con le peggiori delusioni e i migliori successi che si verificano nello stesso giorno. Non lasciatevi sopraffare e godetevi il viaggio!

Al di fuori delle responsabilità di ricerca e di lavoro, hai qualche hobby o interesse?

Vivere in Italia è fantastico per chiunque ami i viaggi, l’arte e la buona cucina. A Milano abbiamo tutto a portata di mano, dalle vivaci città storiche ai rifugi di campagna e ai paesaggi montani! È anche un Paese molto adatto ai cani, quindi il mio cane si diverte molto. Ora devo solo trovare un po’ di tempo per fare esercizio…

Cosa pensi che saresti se non fossi uno scienziato?

Non ne sono così sicuro, ma probabilmente si tratterebbe di computer in un modo o nell’altro.