Checklist per la preparazione e l’analisi di immagini di microscopia

Un gruppo internazionale di microscopisti ottici fornisce linee guida su come elaborare le immagini grezze di microscopia e assemblarle per la pubblicazione in modo standardizzato e riproducibile.

Le immagini sono parte integrante della comunicazione scientifica. I colori vivaci, la formattazione e gli elementi grafici possono catturare gli spettatori più rapidamente e efficacemente rispetto al semplice testo. Le immagini di microscopia sono oggi ampiamente utilizzate nelle pubblicazioni biomediche. Queste immagini sono più che semplici foto, poiché contengono informazioni (note anche come metadati) che possono essere estratte, quantificate e riutilizzate. È quindi essenziale che le immagini di microscopia siano elaborate e presentate in modo chiaro e standardizzato per essere pienamente informative e accessibili alla comunità scientifica, migliorando così la riproducibilità dei risultati.

Questo è uno degli obiettivi di un gruppo internazionale di microscopisti ottici che ha lanciato l’iniziativa Quality Assessment and Reproducibility for Instruments & Images in Light Microscopy (QUAREP-LiMi), di cui fa parte Christopher Schmied, principale autore e già membro del team di Florian Jug presso il Centro di Ricerca di Biologia Computazionale di Human Technopole.

QUAREP-LiMi ha fornito linee guida sotto forma di checklist per aumentare la chiarezza e la qualità della presentazione delle immagini di microscopia e dell’analisi del flusso di lavoro. Queste checklist sono state ora pubblicate su Nature Methods.

Secondo QUAREP-LiMi, le immagini di microscopia di grande impatto in una pubblicazione dovrebbero essere sempre accompagnate da metadati sperimentali e da una chiara descrizione dei flussi di lavoro dell’analisi delle immagini, che dovrebbero essere resi disponibili alla comunità di ricerca attraverso archivi di immagini e di codici in conformità ai principi FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). Inoltre, le immagini di microscopia devono essere leggibili anche da persone daltoniche, rappresentative e riproducibili.

Le checklist per la pubblicazione e l’analisi delle immagini di microscopia soddisfano questi requisiti e la necessità di promuovere una ricerca aperta e riproducibile.  La QUAREP-LiMi definisce i) un livello di segnalazione “minimo”, che include le informazioni necessarie e non negoziabili per la pubblicazione delle immagini; ii) un livello di segnalazione “raccomandato” che assicura la piena comprensione delle immagini e facilita la valutazione dell’analisi delle immagini da parte dei lettori; e iii) un livello di segnalazione “ideale” che fornisce tutte le informazioni.

Sebbene siano state concepite per le immagini di microscopia, queste checklist possono essere facilmente adattate ad altri tipi di immagini scientifiche, come fotografie e immagini mediche.

Inoltre, queste linee guida saranno utili per gli editori, per il personale delle core facility e gli insegnanti, al fine di stabilire standard di riferimento per le buone pratiche di ricerca.