Verso una mappatura sempre più completa delle dipendenze del cancro
Uno nuovo studio pubblicato oggi su Nature Communications e guidato da Francesco Iorio (Group Leader del centro di ricerca in Biologia Computazionale di Human Technopole) raccoglie risultati e metodi che hanno portato alla creazione del più grande database integrativo delle dipendenze del cancro mai assemblato finora.
Le dipendenze del cancro sono geni essenziali per la sua sopravvivenza selettiva e il cui studio dovrebbe essere prioritario per lo sviluppo di nuovi bersagli terapeutici oncologici.
Una collaborazione internazionale volta alla creazione di una Mappa delle Dipendenze del Cancro è stata recentemente avviata dal Wellcome Sanger Institute di Cambridge (UK) e dal Broad Institute di Harvard e MIT (Boston). Nel gennaio del 2021, i due centri hanno pubblicato su Nature una call to action indirizzata ad altri istituti di ricerca e possibili enti finanziatori. Human Technopole è stato il primo istituto italiano ad aderire all’iniziativa, con un focus sui tumori celebrali e sullo sviluppo di metodi computazionali.
Uno studio pubblicato nel 2019 in seno a questa collaborazione ha dimostrato che dataset delle dipendenze del cancro generati in modo indipendente dai due istituti, Broad e Sanger (grazie all’utilizzo della tecnologia di editing genomico CRISPR-Cas9), producono risultati coerenti e riproducibili, nonostante differenze significative nelle pipeline sperimentali sottostanti. Lo studio pubblicato oggi permette di compiere un importante passo in avanti, mostrando come le versioni più recenti e più grandi degli stessi dataset possano essere integrate per creare mappe delle dipendenze del cancro più complete ed esaustive, consentendo così una migliore rappresentazione dell’enorme varietà di tumori umani e fornendo una maggiore potenza numerica per nuove analisi.
L’approccio presentato nello studio ha inoltre identificato standard e metodi necessari per integrare e unire correttamente i dataset CRISPR-Cas9 che verranno generati in quantità sempre maggiori da diversi istituti. Questo permetterà di costruire mappe delle dipendenze del cancro sempre più complete, che terranno progressivamente conto di popolazioni di pazienti correntemente sottorappresentati, minoranze etniche e malattie rare, nella speranza di identificare nuove e promettenti terapie mirate per ciascun paziente oncologico.
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